VINIF.2020.DA02 – Phát triển Chip sàng lọc và mô hình dự đoán nguy cơ gây bệnh dựa trên hệ gen người Việt

Chủ nhiệm dự án
PGS.TS. Trần Huy Thịnh & TS. Nguyễn Hoàng Quân & TS. Võ Sỹ Nam
Tổ chức chủ trì
Trường Đại học Y Hà Nội

Y học chính xác là sự phát triển tất yếu của nền Y học hiện đại. Sự phát triển này gắn liền với những tiến bộ trong việc giải mã bộ gen người. Tuy nhiên bộ gen người lại khác nhau giữa các cá thể và đặc trưng cho từng quốc gia, từng chủng tộc. Chính vì vậy điều kiện tiên quyết để Việt Nam bước vào kỷ nguyên của Y học chính xác là cần có bộ gen tham chiếu đặc trưng cho người Việt và bộ dữ liệu về các biến đổi gen gây bệnh. Dựa trên dữ liệu từ Dự án 1.000 bộ gen người Việt (1KVG) của Viện Nghiên cứu Dữ liệu lớn, VinBigData, Dự án sẽ đưa ra các giải pháp ứng dụng dữ liệu từ bộ gen người vào các dịch vụ chăm sóc sức khoẻ toàn diện cho người dân.

Mục tiêu của dự án

  • Kết hợp các đoạn trình tự đọc ngắn và đọc dài để xây dựng biểu đồ gen và bộ gen tham chiếu hoàn chỉnh đầu tiên của người Việt.
  • Tạo cơ sở dữ liệu các biến đổi gen chức năng liên quan đến bệnh tật, phát triển các SNP-Chip sàng lọc và chẩn đoán hơn 10 bệnh lý phổ biến ở Việt Nam.

Tác động xã hội

  • Kết quả của dự án sẽ góp phần thiết lập nền tảng cho y học chính xác tại Việt Nam với các ứng dụng trực tiếp trong nghiên cứu, đào tạo, chẩn đoán và điều trị bệnh.
  • Cung cấp các SNP-Chip chính xác và hiệu quả, phù hợp để sàng lọc và chẩn đoán các biến đổi gen liên quan đến hơm 10 loại bệnh lý phổ biến ở Việt Nam.
Chủ nhiệm dự án
PGS.TS. Trần Huy Thịnh & TS. Nguyễn Hoàng Quân & TS. Võ Sỹ Nam
Tổ chức chủ trì
Trường Đại học Y Hà Nội

Tags

Tiến độ dự kiến
01/11/2020
01/10/2021
Giai đoạn 1

-Dữ liệu gồm Bộ gen tham chiếu của người Việt phiên bản beta
-Dữ liệu SNPs/thêm/bớt ngắn của người Việt, trình tự RNA, trình tự đọc dài mới
-Bài báo thứ nhất công bố trên tạp chí quốc tế hạng Q1 về bộ gene VGR và SNPs/Indels database (Tentative title: Hg38-Vn reference with population specific SNPs associated to disease and gene regulation) (gửi đăng 6/2021)
-Tuyển 01 Thạc sỹ và 01 NCS

01/10/2022
Giai đoạn 2

– Dữ liệu gồm Bộ gen tham chiếu của người Việt phiên bản hoàn chỉnh
-Bài báo thứ hai công bố trên tạp chí quốc tế hạng Q1 về Vietnamese Variant Genome Graph (Tentative title: A genome graph reference of the complete Vietnamese human genome) (gửi đăng 6/2022)
-01 bộ SNP-Chip (500 cái) đánh giá 10 loại bệnh phổ biến ở Việt Nam bao gồm: ung thư vú, bệnh mạch vành, bệnh thận mạn tính, Alzheimer, Parkinson, ung thư dạ dày, ung thư đại trực tràng, rối loạn lipid máu, loãng xương và thoái hoá khớp.
– 01 bộ Dữ liệu: Danh mục các biến đổi gen người Việt; danh mục này được chia sẻ với VINIF thông qua nhóm nghiên cứu của TS Nam, công bố online trên website của VinBigData và có thể tìm kiếm được

01/10/2023
Giai đoạn 3

-01 Bộ dữ liệu phân tích dự đoán nguy cơ gây bệnh di truyền dựa trên sàng lọc gen của người Việt
-01 Bằng độc quyền giải pháp hữu ích (Trình duyệt bộ gen tham chiếu để tìm các biến thể DNA liên quan đến bệnh tật)
Đào tạo 01 Thạc sĩ và hỗ trợ đào tạo 01 Tiến sĩ
-Bài báo thứ ba công bố trên tạp chí quốc tế hạng Q1 về Vietnamese SNP chip và khả năng dự đoán nguy cơ gây bệnh (Tentative title: Disease associated variants in Vietnamese population applied in clinical screening) (gửi đăng 6/2023)