VINIF.2022.DA00021 – Mã vạch di truyền tiên tiến và cơ sở dữ liệu tích hợp – Ứng dụng trong giám sát trứng cá cá con và quản lý nguồn lợi thủy sản ở Việt Nam

project manager image
Chủ nhiệm dự án
PGS.TS. Đặng Thúy Bình & TS. Phạm Quốc Huy
Tổ chức chủ trì
Trường Đại học Nha Trang

Tính cấp thiết, tính mới:

Dự án đặt nền tảng cho việc kết hợp các phương pháp truyền thống và công cụ di truyền tiên tiến, đóng góp vào cơ sở dữ liệu toàn cầu như Genbank, BOLD trong việc khảo sát đa dạng sinh học và cập nhật danh sách các loài cá biển tại Việt Nam. Các thông tin về di truyền và đa dạng sinh học, các phương pháp tin sinh học hiện đại, dữ liệu WebGIS và phân bố của cá biển nói chung và trứng cá cá con nói riêng được tích hợp trong cơ sở dữ liệu có thể dễ dàng truy cập, truy xuất, và sẵn sàng chuyển giao cho các cơ quan quản lý thủy sản của chính phủ. Dự án đồng thời mở đường cho việc giải quyết các vấn đề về lịch sử sự sống, về di truyền và sinh thái biển ở Việt Nam và Đông Nam Á, là nơi có hệ sinh thái biển đa dạng nhưng đang phải đối mặt với các nguy cơ làm cạn kiệt nguồn tài nguyên quí giá này. Metabarcoding, dữ liệu lớn, cùng với WebGIS, hứa hẹn sẽ là những công cụ hữu hiệu, góp phần vào việc số hóa và lưu trữ dữ liệu theo thời gian và không gian, làm nền tảng cho việc quản lý nguồn lợi thủy sản bền vững ở Việt Nam và kết nối với big data trên toàn cầu. Nghiên cứu này xây dựng mối quan hệ hợp tác mạnh mẽ trong nước và quốc tế bằng việc tạo ra một mạng lưới đa dạng sinh học biển của các nhà khoa học, quản lý trẻ, có năng lực và sẽ là những nhà lãnh đạo sáng tạo trong tương lai. Bên cạnh đó, dự án phối hợp chặt chẽ với các bên liên quan, các cơ quan bảo tồn và tổ chức phi chính phủ, cung cấp thông tin và bằng chứng khoa học cho các chính sách phát triển bền vững và quản lý nguồn lợi thủy sản, và giáo dục cộng đồng về tầm quan trọng của sức khỏe hệ sinh thái.

Mục tiêu dự án:
Dự án nhằm kiểm tra thành phần loài, mật độ và sự phân bố theo thời gian và không gian của trứng cá, cá con (TCCC) dọc theo bờ biển Việt Nam. Đồng thời, nghiên cứu xây dựng thư viện tham chiếu mã vạch DNA (DNA barcodes) và phát triển mã vạch di truyền tiên tiến (DNA metabarcoding) của cá biển như một công cụ và giải pháp hữu ích nhằm khảo sát đa dạng sinh học và quần xã TCCC làm cơ sở cho việc xác định khu vực sinh sản và quản lý nguồn lợi thủy sản.

Nội dung dự án:

  • Khảo sát sự phân bố theo thời gian và không gian, phân tích hình thái giải phẫu, và bảo quản mẫu vật đối với trứng cá, cá con và eDNA được thu thập ở Việt Nam;
  • Xây dựng thư viện mã vạch di truyền và dữ liệu tham chiếu cho chương trình giám sát trứng cá cá con;
  • Xây dựng mã vạch di truyền tiên tiến (DNA metabarcoding) để điều tra cấu trúc quần xã trứng cá cá con, và phát triển phương pháp này như một công cụ và đăng ký giải pháp hữu ích để quản lý nguồn lợi thủy sản;
  • Cập nhật danh sách loài cá biển cho Việt Nam, mô tả và đặt tên các loài mới/ loài cận giống (nếu có);
  • Xây dựng cơ sở dữ liệu thông tin tích hợp về đa dạng, phân bố lịch sử sự sống và mã vạch di truyền của cá biển Việt Nam;
  • Xây dựng và phát triển mạng lưới nghiên cứu mã vạch di truyền quốc gia và quốc tế.

Tầm ảnh hưởng:

Dự án xây dựng mạng lưới nghiên cứu về đa dạng sinh học biển gồm các nhà khoa học trẻ, có năng lực của Việt Nam, kết nối với các nhà nghiên cứu tại Hoa Kỳ. Dự án áp dụng các kỹ thuật di truyền tiên tiến và dữ liệu lớn, đồng thời phối hợp chặt chẽ với các bên liên quan, các cơ quan bảo tồn và tổ chức phi chính phủ, cung cấp thông tin và bằng chứng khoa học mở đường cho việc đề xuất các giải pháp để thiết lập và bổ sung các khu bảo vệ nguồn lợi các chính sách hướng tới phát triển và quản lý bền vững nguồn lợi thủy sản.

Link video dự án: https://www.youtube.com/watch?v=Oo-1D-0dKNo

project manager image
Chủ nhiệm dự án
PGS.TS. Đặng Thúy Bình & TS. Phạm Quốc Huy
Tổ chức chủ trì
Trường Đại học Nha Trang

Tags

Tiến độ dự kiến
01/12/2022
30/12/2023
Giai đoạn 1

– Mẫu vật TCCC và mẫu nước môi trường (eDNA) được thu thập ở Việt Nam và lưu giữ trong điều kiện phù hợp, phục vụ các phân tích về hình thái, mật độ và di truyền;
– Dữ liệu khảo sát phục vụ việc xây dựng sơ đồ khu vực sinh sản và cơ sở dữ liệu;
– 01 Sơ đồ khu vực sinh sản cá biển, đề xuất giải pháp quản lý nguồn lợi bền vững;
– 01 báo cáo trình bày tại Hội thảo quốc gia;
– Hỗ trợ 01 NCS và 02 học viên cao học thực hiện đề tài liên quan đến nội dung của dự án.

30/12/2024
Giai đoạn 2

– Hỗ trợ 01 NCS và 03 – 04 học viên cao học thực hiện đề tài liên quan đến nội dung của dự án;
– Bộ mẫu vật cá trưởng thành được thu và lưu giữ trong điều kiện phù hợp, phục vụ các phân tích về hình thái và di truyền;
– 01 Hội thảo tập huấn tại Đại học Nha Trang;
– 01 Quy trình phân tích DNA mã vạch và cơ sở dữ liệu về DNA mã vạch cá biển (Hình thái, sinh thái, di truyền) được đưa lên server ảo;
– 01 bài báo Q1 được chấp nhận đăng;
– 01 bài báo Q1 được gửi đăng.

30/11/2025
Giai đoạn 3

– 01 giải pháp hữu ích về quy trình phân tích DNA Metabarcoding đã được cấp giấy chứng nhận hoặc có thông báo chấp nhận đơn và/hoặc bằng chứng về việc tiếp nhận yêu cầu thẩm định nội dung;
– Danh sách các loài cá biển được cập nhật, trong đó các loài mới (nếu có) được mô tả dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền (theo hệ thống phân loại mới nhất);
– Phiên bản tiếng Việt và tiếng Anh của Sách “Hướng dẫn thực địa điều tra trứng cá cá con ở Việt Nam” được phát hành trực tuyến;
– 01 Cơ sở dữ liệu WebGIS về đa dạng sinh học cá và trứng cá, cá con và báo cáo sợ bộ về thông tin truy cập và phản hồi của các bên liên quan;

– 01 báo cáo tham gia hội thảo rank A;
– 02 bài báo Q1 được chấp nhận đăng.